PDNA-GEME
Le paludisme reste l'une des principales causes de morbidité et de mortalité en Afrique subsaharienne (ASS). Bien que de nombreuses interventions aient été mises en place pour lutter contre cette maladie, des rapports récents suggèrent que les progrès se sont arrêtés en raison de plusieurs facteurs, notamment la réduction des financements et la diminution de l'efficacité des interventions bien établies [2-4]. D'où la nécessité de dépasser les approches traditionnelles de la lutte contre le paludisme en exploitant les progrès récents des technologies de séquençage et de génotypage qui offrent des données génomiques complètes. L'adoption des informations génomiques par la plupart des programmes nationaux de lutte contre le paludisme (PNLP) a été très lente en raison du manque de capacité à générer, analyser et utiliser les données génomiques dans la politique et la prise de décision. En outre, la communication entre les scientifiques africains qui mènent des études génomiques sur le continent et les PNLP dans leurs pays est limitée. Pour contribuer davantage à la réduction significative de la mortalité et de la morbidité dues au paludisme, nous entendons i) améliorer la compréhension et la connaissance des concepts scientifiques de la surveillance moléculaire du paludisme dans les PNLP de l'Afrique subsaharienne et ii) accroître l'utilisation des données et des indicateurs génétiques par les PNLP et les ministères de la santé (intégrés aux données épidémiologiques) afin de prendre des décisions et d'élaborer des politiques éclairées en vue de l'élimination du paludisme. Les éléments suivants indiqueront clairement que les objectifs susmentionnés sont atteints : i) les plans quinquennaux des PNM prévoient la collecte d'échantillons biologiques pour la génération de données génétiques ; ii) les PNM disposent de connaissances et de capacités accrues et mesurables pour accéder aux données génomiques, les interpréter et les utiliser afin d'éclairer les activités et les politiques programmatiques ; iii) les PNM et d'autres parties prenantes s'engagent davantage dans la planification et la mise en œuvre de la surveillance moléculaire. Un certain nombre d'indicateurs soigneusement élaborés seront conçus pour mesurer nos progrès, notamment le nombre de membres du personnel des PNLP formés par pays et par an aux concepts de la surveillance moléculaire du paludisme (MMS), le nombre d'ateliers organisés par le consortium, le nombre de PNLP communiquant des indicateurs moléculaires sur le paludisme sur une base annuelle.
2ème Atelier de Surveillance Moléculaire du Paludisme - PDNA GEME
Du 21 au 26 octobre 2024, le Projet (PDNA GEME) a organisé un atelier de formation intensif destiné aux techniciens de laboratoire des Programmes Nationaux de Lutte contre le Paludisme (PNLP) des pays membres du PDNA sur la surveillance moléculaire du paludisme. Cet atelier, animé par le Dr. Mamadou Teketé et le Dr. Hinda Doucouré dans les locaux du PDNA à Sotuba, avait pour objectif d’équiper les participants des compétences nécessaires pour renforcer la surveillance génomique du paludisme en Afrique. La formation s’est déroulée sous la supervision du Professeur Abdoulaye Djimdé, Président du PDNA.
Participants et Objectifs
Les participants, originaires de sept pays africains dont le Cameroun, le Gabon, le Kenya, le Mali, Madagascar, le Niger et la Tanzanie ont bénéficié d’une immersion dans des techniques moléculaires avancées pour la détection et la surveillance du paludisme. Les objectifs principaux de cette formation étaient de :
- Renforcer les connaissances et compétences des techniciens en biologie moléculaire appliquée au paludisme.
- Former aux outils de diagnostic de la résistance génétique du parasite Plasmodium falciparum.
- Améliorer l’interprétation et l’analyse des résultats pour la prise en charge optimale des cas de paludisme.
Contenu et Déroulement de la Formation
La semaine de formation a couvert un large éventail de techniques et de pratiques de laboratoire, dont les points saillants sont les suivants :
- Introduction aux Outils de Surveillance Moléculaire : Aperçu des nouvelles technologies appliquées à la surveillance du paludisme.
- Prélèvement d’Échantillons : Technique de réalisation du sang séché sur du papier buvard (confettis) permettant une conservation et une analyse optimisées.
- Extraction d'ADN : Méthodes pour extraire l’ADN à partir de sang séché sur papier filtre.
- PCR (Polymerase Chain Reaction) : Initiation aux principes et applications de la PCR pour détecter les marqueurs moléculaires de résistance aux antipaludiques.
- Détection des Marqueurs de Résistance : Utilisation de la PCR pour identifier les gènes Pfcrt et Pfmdr1, responsables de la résistance à certains traitements antipaludéens.
- Identification des Espèces de Plasmodium : Techniques de détection des différentes espèces de Plasmodium, essentielles pour la surveillance et le diagnostic.
- Interprétation des Résultats : Formation sur l’analyse et l’interprétation des résultats PCR afin de prendre les décisions cliniques et d’informer les acteurs de santé publique.
Témoignage
La formation a été particulièrement enrichissante pour les participants. Selon Gemandze Ntsah Kelly, participante du Cameroun :
« Je suis heureuse d'avoir participé à l'atelier sur les « Aspects moléculaires du paludisme » organisé par le PDNA. L'atelier a abordé divers sujets, notamment le cycle de vie du parasite du paludisme, les options de diagnostic et de traitement. J'ai particulièrement apprécié la séance pratique où nous avons appris à identifier les gènes de résistance Pfcrt et Pfmdr1 de Plasmodium falciparum et à effectuer une correction moléculaire avec le microsatellite Ta99. J'ai hâte d'appliquer les connaissances et les compétences acquises. »
Conclusion et Remise des Attestations
À l’issue de cette formation, chaque participant a reçu une attestation de reconnaissance. La satisfaction des participants a symboliser la réussite de l’atelier et leur engagement dans la lutte contre le paludisme en Afrique. Cet atelier constitue une avancée significative pour les PNLPs et pour la capacité des pays africains à surveiller et à contrôler plus efficacement le paludisme.
Ce type de formation démontre l’engagement du PDNA dans le renforcement des compétences locales pour une meilleure lutte contre les maladies infectieuses en Afrique.
Dans le cadre du projet PDNA-GEME et concernant les objectifs assignés, plusieurs réunions ont été organisées afin d’informer l’opinion nationale et internationale du démarrage des activités du projet ainsi que pour présenter le plan d’actions. Ces activités rentrent dans le cadre du renforcement des capacités.
Initiation de l'engagement avec les chercheurs du PDNA
Une réunion en ligne a été organisée afin d’informer les chercheurs du PDNA, qui sont également les sous-bénéficiaires de cet investissement.
Le Pr. Abdoulaye Djimdé, Président du réseau a fait une présentation sur la portée finale du projet, ses objectifs ainsi que sur les résultats attendus.
Le calendrier et le budget final ont été présentés au groupe. Les commentaires des uns et autres ont été reçus.
Présentation du projet
Une réunion a été organisée afin de partager l’état d’avancement du projet avec le conseil d'administration de PDNA et les membres du réseau :
Quinze étudiants (dont 4 femmes) de 7 institutions PDNA ont été sponsorisés pour assister à la réunion annuelle en ligne 2021 de la Société Américaine de Médecine Tropicale et d'Hygiène. Leurs frais d'inscriptions ont été payés par le réseau.
2. Recrutement du personnel : Des offres d'emplois ont été publiées en ligne afin de pourvoir les postes de chef de projet, d'assistant administratif bilingue et de logisticien. Des dizaines de candidatures ont été reçues et évaluées au cours de trois phases de sélection, qui se sont conclues par des entretiens personnels. Les trois postes ont été pourvus. Par le biais du même processus, un agent CPE pour le chef de file a été recruté. A ce jour les personnels sont recrutés et sont opérationnels.
Un local approprié à Sotuba a été identifié, meublé et équipé pour répondre aux besoins des activités du réseau.
L’engagement des communautés et du public
Les premiers engagements avec les directeurs et le personnel des Programmes Nationaux de Lutte contre le Paludisme du Mali, du Ghana et du Burkina Faso ont été pris.
Cette réunion a permis de présenter le concept du projet et lancer le processus d'engagement itératif. Dans ce sens, une cartographie des PNLPs d'Afrique sub-saharienne et de leurs contacts clés a été initiée.
Une réunion a été organisée avec le conseil d'administration du PDNA ainsi qu'une réunion de lancement du projet GEME du PDNA avec les PI et les membres des PNLPs à Addis-Abeba, en Éthiopie.
La réunion d'Addis a également été l'occasion de piloter l'outil d'enquête pour l'évaluation des besoins.
Réunion sur la génomique du paludisme de la Fondation Bill et Melinda Gates
Cette réunion s'est tenue du 2 au 4 août 2022 à l'Union africaine à Addis-Abeba. Elle a rassemblé des scientifiques et des gestionnaires du PNLP et a offert une occasion unique de lancer la discussion sur la manière de combler le fossé entre la recherche et l'élaboration des politiques pour l'élimination du paludisme. La réunion a été largement suivie par les scientifiques et les responsables des PNLP. Elle a enregistré la participation d'environ 30 personnes dans les 16 pays membres du réseau.
Un examen des outils et d’activités initiales d'engagement avec les PI du PDNA a été fait. Les PI du PDNA ont donné un très bon retour sur les outils de l'étude GEME. De nombreux PI ont répondu à l'équipe en fournissant des informations complémentaires sur les outils et sur les expériences en cours dans leur pays.
Ainsi, le questionnaire destiné à évaluer les connaissances et les besoins des PNLP en matière d'outils génétiques a été élaboré et validé.
L'approbation éthique du projet a été accordée et l'équipe s'est préparée à la collecte des données du projet en menant 17 entretiens approfondis dans les 16 pays avec les PI du PDNA. L'étude qualitative visait à explorer les expériences des chercheurs en matière d'implication des PNLP et la manière dont ils rendent leurs recherches accessibles aux PNLP. Les entretiens ont été enregistrés et transcrits. Tous les entretiens enregistrés ont été traités mot à mot pour produire les transcriptions qui seront utilisées pour le codage et l'analyse.
Un travail a été mené par l'équipe du Ghana pour l’élaboration du manuscrit et du protocole avec les commentaires et les contributions de tous les PI du PDNA, qui sont coauteurs.
L'évaluation des besoins pour la plupart des pays a été réalisée à partir de janvier, même si environ deux pays ont terminé leur enquête en décembre 2022. Les pays francophones ont été coordonnés par le CPE de l'équipe du Mali, tandis que l'équipe du Ghana a dirigé les pays anglophones et lusophones.
Progression :
Par ailleurs, l'équipe du PDNA au Mali a participé du 29 janvier au 6 février 2023 à l'élaboration du Plan Stratégique National 2023 à 2028 du PNLP Mali. Cette participation et l'expertise de l'équipe PDNA ont été bien appréciées par le directeur du PNLP et ont renforcé les relations entre les deux parties.
Atelier d’analyse qualitative par l’équipe du Ghana
L'évaluation des besoins pour la plupart des pays a été réalisée à partir de janvier, même si environ deux pays ont terminé leur enquête en décembre 2022. Les pays francophones ont été coordonnés par le CPE de l'équipe du Mali, tandis que l'équipe du Ghana a dirigé les pays anglophones et lusophones.
L'équipe du Ghana a organisé un atelier d'analyse de quatre jours pour analyser les données qualitatives de l'étude et rédiger les résultats. Deux experts qualitatifs indépendants ont participé à cet atelier. Ils ont également élaboré un manuscrit qualitatif. Après l'analyse, l'équipe du Ghana dirige également l'élaboration d'un manuscrit à partir des données qualitatives.
Analyse quantitative. L'enquête d'évaluation des besoins a également été analysée et les besoins en formation ont été identifiés. Les réponses techniques ont été analysées avec succès afin d'identifier les besoins en formation des PNLP.
Quelques séries d’acticités d’engagement :
Mai 2023
Une réunion virtuelle avec les chercheurs principaux du PDNA a été organisé pour discuter des besoins identifiés lors de la phase exploratoire et pour identifier les capacités disponibles au sein du groupe pour mener à bien la formation. La réunion virtuelle a été très bien suivie et les chercheurs principaux ont exprimé leur volonté de continuer à soutenir les activités du projet.
Juin 2023
Un forum de diffusion de la recherche a été organisé au Collège des sciences de la santé de l'Université du Ghana. L'équipe a conçu et présenté une affiche avec les objectifs et les résultats de l'étude lors de l'exposition de recherche du collège.
Juillet 2023
Un séminaire en ligne a été organisé sur l'élaboration de notes d'orientation à l'intention des chercheurs principaux du PDNA. Il s'agissait d'un atelier visant à améliorer les compétences des chercheurs principaux pour développer des notes d'orientation à partir de données génomiques et pour adapter les notes d'orientation à la compréhension des PNLP et d'autres décideurs en matière de paludisme.
Formation des Directeurs des Programmes Nationaux de lutte Contre le Paludisme des 16 pays du réseau PDNA,
Contexte :
Comme nous le savons tous, la recherche en santé est un enjeu primordial pour l ‘avenir de l’humanité. Les épidémies anciennes ou actuelles ont montré l’importance de disposer d’un outil de connaissances adapté afin de relever les défis de la prévention ou du traitement. C’est dans ce contexte que le réseau PDNA a organisé un atelier à l’attention des Directeurs des Programmes Nationaux de Lutte contre le Paludisme des 16 pays membres du 14 au 17 août 2023 à l’Hôtel Millennium de Bamako-Mali.
Déroulement :
La cérémonie d’ouverture a été marquée par la présence du Ministre de la Santé et du Développement Social, Colonel Assa Badialo Touré, de la directrice du PNLP, Dr. Aissata Koné et du Président du Réseau PDNA, Pr. Abdoulaye Djimdé qui a fait une présentation du projet et de son état d’avancement.
La Ministre, très satisfaite, a souhaité la bienvenue aux participants tout en leur souhaitant de fructueux travaux.
Après la cérémonie d’ouverture, le déroulé a été le suivant :
- les présentations, suivies de questions/réponses ;
- des travaux de groupe suivis d'une discussion en plénière ;
- des démonstrations pratiques d'expériences de biologie moléculaire dans les laboratoires de PDNA.
Tout cela a permis de promouvoir l'utilisation et l'intégration efficace des données génomiques dans les activités de contrôle et d'élimination du paludisme des PNLP.
Le Pr. Abdoulaye Djimdé a offert un dîner aux participants clôturant ainsi la formation.
Activités prévues/réalisées en 2024:
Janvier à mars 2024 :
- La lettre d'information décrivant les activités de PDNA-GEME a été publiée.
- Un manuscrit sur l'analyse qualitative a été soumis pour publication à BMC Global Health.
Mars 2024 :
La première formation pratique du personnel technique des PNLP en biologie moléculaire a été achevée. L'atelier a été très bien accueilli. Une vidéo a été réalisée par les stagiaires et est disponible sur le youtube du réseau.
Un deuxième atelier sera organisé au deuxième trimestre pour ceux qui n'ont pas pu participer à la première formation.
Une vidéo a été produite sur la démystification de la génomique des pathogènes.
Nous avons l'intention d'entreprendre des engagements plus rapprochés, soit par la direction du PDNA GEME, soit par les PI respectifs du PDNA, afin de promouvoir un engagement plus approfondi avec les PNLP et d'encourager l'inclusion des activités la Surveillance Moléculaire du Paludisme dans les plans stratégiques nationaux de lutte contre le paludisme.
Un symposium a été organisé lors de la réunion de l'Initiative multilatérale sur le paludisme (MIM) à Kigali, au Rwanda.
Nous avons présenté les progrès du PDNA - GEME lors des célébrations de la journée mondiale du paludisme dans nos pays respectifs le 25 avril 2024.
- La phase 3 du projet, c'est-à-dire l'évaluation de l'impact, débutera au troisième trimestre de cette année. Elle consiste à réaliser une évaluation de l'impact afin de déterminer les avantages que le projet a tirés de toutes les activités menées jusqu'à présent. Les observateurs de la phase 3 seront particulièrement intéressés par les preuves d'une interaction accrue entre les chercheurs en génomique du paludisme et les PNLP, ainsi que par les preuves de l'utilisation ou des plans d'utilisation de la génomique pour les interventions et les politiques de lutte contre le paludisme.
